LINUX RISING

пролог

Так сложилось, что большая часть инструментов для биоинформатического, да и в целом научного, анализа написаны под GNU/Linux и MacOS. Какие-то программы есть и для Windows, но их мало, а функционал существующих зачастую сильно ограничен. Причин тому несколько. Во-первых, семейство Linux — наиболее распространённая разновидность операционных систем, устанавливаемых на серверы и суперкомпьютеры, на которых и выполняются многие биоинформатические исследования. К слову, на всех вычислительных системах, входящих в Top500, на настоящий момент используется Linux. Например, Pleiades — суперкомпьютер NASA, работает под SUSE Linux Enterprise Server, а Selene, разработанный Nvidia, — под знакомой вам Ubuntu. Во-вторых, в Linux можно легко работать даже с поистине огромными текстовыми файлами с помощью массы разнообразных встроенных консольных команд, которые можно легко объединить в конвейер. Кстати, список наиболее полезных и мейнстримных команд можно найти тут.

В общем, хотите делать биоинформатический анализ, обзаводитесь чем-нибудь *nix-like. Если у вас уже установлена Ubuntu, openSUSE или любой другой дистрибутив Linux, или же вы счастливый обладатель Mac, то можно сразу приступать к работе.

Если нет, то ниже вы найдёте инструкцию, как поставить консольную версию Linux поверх Windows.

Ход установки 

Для установки виртуальной системы Linux во всех версиях Windows, начиная с 10, появилась Windows Subsystem for Linux (WSL). Такая подсистема требует меньших ресурсов, чем полноценная виртуализация, что важно для не очень мощных компов. Изначально она поддерживала только консольную версию Linux, но сейчас чародеи-виндузятники постепенно допиливают и графическую систему. WSL позволяет установить большую часть дистрибутивов Linux, например, Ubuntu, OpenSUSE, Kali, Debian, Arch Linux 

Итак. На сайте Windows есть детальная инструкция, как поставить Linux на подсистему WSL, но там нужно вводить заклинания в командную строку, а этот уровень магических искусств многих начинающих чернокнижников пугает. Поэтому покажу пошагово, как это сделать при помощи графического интерфейса. Ниже — картинки с идиотскими подписями.

1. Призовите Панель управления (Control Panel)

2. В открывшемся окне нажмите на Программы

3. Нажмите на Включение или отключение компонентов Windows

4. Откроется окно Компоненты Windows, найдите пункт Подсистема Windows для Linux и поставьте отметку напротив него, нажмите OK

5. Через некоторое время система попросит перезагрузить компьютер. Придётся перезагрузить, невежливо отказывать в такой просьбе, даже, если это Windows

6.  После перезагрузки запустите Microsoft Store

7. Вбейте в строку поиска  Ubuntu или название любого другого любимого дистрибутива Linux

8. Нажмите Получить

9. Подождите, попейте чай, кофе, крафтовое или лавкрафтовое пиво

10. Когда установка завершится, нажмите Открыть

11. В появившемся чёрном экране вы увидете надпись Installing, this may take a few minutes...

12. Подождите, устройтесь в кресле поудобнее

13. Далее Вам предложат ввести имя пользователя. Введите. Оно может быть любым и не обязательно должно совпадать с юзернеймом на Windows.
    В консоли вы прочитаете ровно то же самое:

Please create a default UNIX user account. The username does not need to match your Windows username.

For more information visit: https://aka.ms/wslusers

Enter new UNIX username:

14.  После этого Вам предложат ввести пароль. Обратите внимание, что это пароль суперпользователя, он Вам понадобится при каждой установке программ на Linux. А ещё Linux никак не отображает ввод пароля, не удивляйтесь.

New password:

Retype new password:

15. После ввода пароля установка системы будет завершена

passwd: password updated successfully

Installation successful!

16. Теперь Вам нужно обновить систему. Делается это командой

sudo apt update -y && sudo apt upgrade -y

Кстати, тут Вам понадобится ввести тот самы пароль суперпользователя, потому что Вы устанавливаете в систему нечто новое

17. Подождите, попейте чай, погуляйте

18. Когда обновление завершится Вы можете приступить к работе в Linux.

19. Можно установить все необходимые для этого курса программы командой:

sudo apt install -y mafft && sudo apt install -y mrbayes && sudo apt install -y python3-pip && sudo pip install seqmagick && sudo apt install -y hmmer && sudo apt install -y ncbi-blast+ && sudo apt install -y figtree

20. Если у Вас вылезает какая-то ошибка, то загляните в Подвал. Возможно, Вы там найдёте ответы на свои вопросы.

Congradulations! Mischief managed!